『使徒、襲来』
西暦２０１５年、第３新東京市に１５年ぶりに地上に姿を現した謎の巨大生命体、使徒。
なんの前ぶれもなく、しかし約束された出来事のように。
国連軍はただちに迎撃体勢を整える。
同じ頃、碇シンジは１０年以上も離れて暮らしてきた父親から呼び出され、この第３新東京市を訪れた。
出迎えたのは、特務機関ＮＥＲＶ(ネルフ)本部所属、葛城ミサト一尉。
２人は出会っていきなり激しい戦闘に巻き込まれる。
最新兵器による集中砲火も、A.T.フィールドと呼ばれる強力なバリアに守られている使徒には全く歯がたたない。
最大の破壊力を持つＮ2兵器すら、致命的な打撃を与えるには及ばず、万事休すと見えた。
ミサトとシンジは、同市地下ジオフロントにあるネルフ本部へと向かう。
そこにはネルフ総司令官である碇シンジの父、碇ゲンドウと、汎用人間型決戦兵器・人造人間エヴァンゲリオン初号機が待っていた。
シンジは父に、たった今からお前はこの初号機のパイロットとして、使徒と戦うのだと告げられる。
激しく抵抗するシンジの前に、痛々しい包帯姿の少女、綾波レイが担架で運ばれてくる。
自分が乗らなければ、彼女が乗ってあの怪物と戦うことになる―いつしか彼の口から『逃げちゃダメだ』という言葉が繰り返される。
シンジは悩みもだえた末、エヴァンゲリオン初号機に乗る決意を固める。
出撃する初号機の姿に、確信めいた笑みを浮かべる碇ゲンドウ。
第３新東京市地上で対峙する、エヴァンゲリオン初号機と３番目の使徒サキエル。
シンジの長い戦いが今、始る。