シンジの説得を早々に見限ったゲンドウは、EVA零号機の専属操縦者である綾波レイに出撃命令を下す。
シンジの目の前に現れたのは、ベットに横たわった、全身が包帯でつつまれた少女。
その痛々しい姿を目の当たりにし、シンジは衝撃を受ける。
レイと呼ばれたその少女は、表情1つ変えず無表情のまま天井を見つめるだけだったが、自分の身体を起こす際には、激痛に顔を歪め声を漏らした。
その時、再生を遂げた使徒はNERV本部への侵攻を再開する。
その攻撃の余波はジオフロントにも及び、本部は大きく揺れ出す。
その使徒の攻撃によりシンジたちのいる場所にも激震が走った。
その際にベッドから投げ出されたレイ。
レイのか細い悲鳴が響く。
思わずシンジはレイに駆け寄ったが、異様な感触に目を向けると、シンジの手には血で真っ赤に染まっていた。
〝自分の代わりに傷だらけのこの少女をエヴァンゲリオンに搭乗させるわけにわいかない″
逃げ出したい自分の気持ちと必死に向き合うシンジ。
不安で、怯えながらもシンジは搭乗を決意する。
逃げちゃ駄目だ、逃げちゃ駄目だ
逃げちゃ駄目だ
発進っ!!!